Calcolo ad alte prestazioni e genomica riproducibile con Bioconductor

Comprendere come sfruttare l'HPC (High Performance Computing) e garantire la riproducibilità delle analisi è essenziale per la ricerca moderna nel campo delle scienze della vita. Questo corso di solo testo ti guida attraverso i principi fondamentali della genomica riproducibile e del computing ad alte prestazioni.Passerai dalla manipolazione di base dei dati alla gestione di dataset biologici su larga scala, imparerai come strutturare il tuo codice, utilizzare architetture di dati su scala cloud e implementare tecniche di visualizzazione robuste. Cosa imparerai: 1. Comprendere i principi fondamentali della ricerca riproducibile e dell'architettura dei dati genomici strutturati. 2. Esplora i pacchetti Bioconductor progettati per l'analisi dei dati del genoma ad alte prestazioni. 3. Applicare concetti moderni di gestione del flusso di lavoro per garantire che le pipeline genomiche siano coerenti e condivisibili. 5. analizzare e visualizzare complessi set di dati biologici generati da consorzi su larga scala. 6. praticare l'ottimizzazione del codice R e Bioconductor per l'efficienza e la velocità della memoria. Il corso inizia con le definizioni fondamentali di riproducibilità e infrastruttura HPC prima di passare all'ottimizzazione pratica del codice, ai modelli di elaborazione parallela e all'esplorazione dei dati su scala cloud.Leggerai spiegazioni dettagliate, studierai frammenti di codice strutturati e completerai esercizi scritti per consolidare la tua comprensione. Questo corso è progettato per ricercatori di scienze della vita, bioinformatici e analisti di dati che desiderano scalare le loro analisi genomiche. Una familiarità di base con R è utile, ma non è richiesta alcuna esperienza precedente con pacchetti di elaborazione ad alte prestazioni o avanzati Bioconductor.