Séquençage du génome entier de bactéries : Bioinformatique et outils pour débutants

Alors que le séquençage du génome entier (WGS) de bactéries remplace rapidement les méthodes de laboratoire traditionnelles dans la recherche et la médecine, comprendre comment traiter et interpréter les données génomiques est devenu une compétence essentielle. Ce cours comble le fossé entre la microbiologie et la bioinformatique, vous guidant à travers le pipeline numérique utilisé pour analyser les pathogènes bactériens. Vous passerez de la compréhension des données brutes de séquençage à l'extraction d'informations biologiques exploitables. À la fin de ce cours, vous comprendrez l'ensemble du flux de travail WGS et vous vous sentirez à l'aise pour naviguer dans les outils numériques utilisés pour identifier les bactéries, détecter les gènes de résistance et enquêter sur les épidémies. Ce que vous apprendrez : - Comprendre les principes fondamentaux de la structure du génome bactérien et des technologies de séquençage modernes - Effectuer le contrôle qualité et le prétraitement des données brutes de séquençage à l'aide d'outils bioinformatiques modernes - Apprendre les concepts de l'assemblage du génome et comment évaluer la qualité de l'assemblage - Identifier les gènes de résistance aux antimicrobiens (AMR) et les facteurs de virulence à partir des séquences génomiques - Utiliser les bases de données génomiques publiques et les outils web pour comparer les souches bactériennes et retracer les relations évolutives Le cours commence par la terminologie fondamentale, la chimie de séquençage et les formats de données avant de passer étape par étape au contrôle qualité, à l'assemblage, à l'annotation et aux applications épidémiologiques pratiques. Les explications écrites et les démonstrations pratiques garantissent que vous construisez une base conceptuelle et pratique solide. Ce cours est conçu pour les débutants, y compris les microbiologistes, les professionnels de la santé, les travailleurs de la santé publique et les étudiants sans expérience préalable en bioinformatique ou en programmation. Commencez votre voyage dans la génomique bactérienne et libérez la puissance des données de séquençage dès aujourd'hui.